Thông tư 89/2026/TT-BTC: chữ ký số và giao dịch thuế điện tử từ 1/7/2026, doanh nghiệp cần biết gì

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và bãi bỏ Thông tư 19/2021/TT-BTC hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế, cùng Thông tư 46/2024/TT-BTC sửa đổi văn bản này.

Thông tư 89/2026/TT-BTC dài hơn 800 trang, gồm cả khai thuế, nộp thuế, hoàn thuế và các phụ lục mẫu biểu. Bài này chỉ tóm tắt Chương II về giao dịch điện tử trong quản lý thuế, phần liên quan trực tiếp tới chữ ký số của doanh nghiệp: điều kiện giao dịch, chữ ký nào được dùng, giờ nộp hồ sơ và cách xử lý khi gặp sự cố. Các trích dẫn lấy từ bản gốc đăng trên Cổng Thông tin điện tử Chính phủ.

Thông tin chung về Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng bãi bỏ Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế cũ. Quy chế nội bộ, hợp đồng dịch vụ kế toán hay tài liệu hướng dẫn của doanh nghiệp còn trích Thông tư 19/2021/TT-BTC khi nói về nộp hồ sơ thuế điện tử nên đổi căn cứ sang Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Điều kiện để giao dịch thuế điện tử

Khoản 1 Điều 8 Thông tư 89/2026/TT-BTC yêu cầu người nộp thuế giao dịch thuế điện tử với cơ quan thuế đáp ứng ba điều kiện:

1. 1Có tài khoản giao dịch thuế điện tử: là tài khoản định danh điện tử theo pháp luật về định danh và xác thực điện tử, hoặc tài khoản do Hệ thống thông tin quản lý thuế cấp cho trường hợp không bắt buộc hoặc không thuộc đối tượng được cấp tài khoản định danh điện tử.
2. 2Có khả năng truy cập và sử dụng mạng Internet.
3. 3Có chữ ký điện tử theo Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTC, trừ trường hợp được áp dụng các hình thức xác nhận điện tử khác.

Khoản 2 Điều 8 liệt kê các hệ thống nhận giao dịch thuế điện tử: Cổng Dịch vụ công quốc gia, Hệ thống thông tin quản lý thuế, hệ thống của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN đã kết nối với Hệ thống thông tin quản lý thuế. Riêng việc nộp tiền thuế điện tử còn làm được qua dịch vụ thanh toán điện tử của tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán hoặc tổ chức dịch vụ khác có kết nối với Hệ thống thông tin quản lý thuế.

Khoản 2 Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định việc áp dụng toàn bộ các hình thức giao dịch điện tử trong quản lý thuế được thực hiện theo lộ trình của cơ quan thuế, theo khoản 4 Điều 52 Luật Quản lý thuế. Vì vậy hình thức nào đã áp dụng cho loại hồ sơ nào cần xem thông báo của cơ quan thuế ở từng thời điểm.

Chữ ký số nào được dùng khi giao dịch thuế điện tử

Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định việc xác nhận người ký trên hồ sơ, chứng từ điện tử. Việc xác nhận làm theo một trong hai hình thức: xác nhận bằng chữ ký điện tử, gồm chữ ký số công cộng và chữ ký số chuyên dùng công vụ; hoặc xác nhận bằng mã xác thực giao dịch điện tử, sinh trắc học và các phương tiện điện tử khác.

Người nộp thuế thực hiện đăng ký sử dụng, thay đổi chữ ký điện tử và các hình thức xác nhận điện tử khác theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống thông tin để thực hiện giao dịch thuế điện tử.

— Khoản 1 Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTC

Chữ ký số công cộng của doanh nghiệp là chữ ký số dùng chứng thư do tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng cấp, ở dạng USB Token, ký số trên thiết bị di động hoặc ký số từ xa theo Nghị định 23/2025/NĐ-CP. Thông tư 89/2026/TT-BTC không chỉ định nhà cung cấp hay mô hình ký số; chứng thư chỉ cần là chữ ký số công cộng, còn hiệu lực và đã được đăng ký cho giao dịch thuế điện tử.

Đăng ký và thay đổi thông tin giao dịch thuế điện tử

Điều 13 Thông tư 89/2026/TT-BTC chia cách đăng ký theo hệ thống người nộp thuế chọn:

• Người nộp thuế thuộc đối tượng được định danh điện tử đăng nhập Cổng Dịch vụ công quốc gia bằng tài khoản định danh điện tử mức độ 02 (với công dân Việt Nam) để giao dịch thuế điện tử. Thông tin thay đổi thì cập nhật trên Cổng Dịch vụ công quốc gia theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống.
• Người nộp thuế đăng ký giao dịch thuế điện tử qua tổ chức T-VAN thì đăng ký, thay đổi, bổ sung thông tin và ngừng giao dịch theo Điều 16 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Người nộp thuế đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế thì kê khai theo mẫu số 01/ĐK-TĐT Phụ lục III. Chậm nhất 15 phút sau khi nhận hồ sơ, cơ quan thuế gửi thông báo chấp nhận kèm tài khoản giao dịch thuế điện tử, hoặc thông báo không chấp nhận, theo mẫu số 04/TB-TĐT.

Khi doanh nghiệp đổi sang chứng thư số mới, ví dụ mua USB Token của nhà cung cấp khác, việc đăng ký thay đổi chữ ký điện tử làm theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống thông tin nơi doanh nghiệp giao dịch thuế điện tử, theo khoản 1 Điều 10. Thông tư 89/2026/TT-BTC không liệt kê từng thao tác trên màn hình, nên doanh nghiệp xem hướng dẫn trên hệ thống đang dùng hoặc hỏi cơ quan thuế quản lý.

Giờ nộp hồ sơ thuế điện tử và thời hạn nhận thông báo

Điều 11 Thông tư 89/2026/TT-BTC cho phép giao dịch thuế điện tử 24 giờ trong ngày, từ 00:00:00 đến 23:59:59, và 07 ngày trong tuần, kể cả ngày nghỉ, ngày lễ và Tết. Hồ sơ được tính là nộp trong ngày nếu được ký gửi thành công trong khoảng thời gian đó.

Cơ quan thuế căn cứ thời điểm xác nhận nộp hồ sơ để tính thời gian nộp, thời gian chậm nộp và thời gian giải quyết hồ sơ. Vì vậy doanh nghiệp nên lưu lại Thông báo tiếp nhận hồ sơ thuế điện tử của từng kỳ khai thuế làm bằng chứng đã nộp.

Gặp sự cố khi nộp hồ sơ thuế điện tử thì làm gì

Điều 12 Thông tư 89/2026/TT-BTC phân biệt sự cố ở phía người nộp thuế và sự cố ở hệ thống của cơ quan thuế. Cách xử lý và việc có được tính là đúng hạn hay không khác nhau giữa hai trường hợp.

Sự cố ở hệ thống của người nộp thuế

Theo khoản 1 Điều 12, người nộp thuế phải tự khắc phục sự cố hạ tầng kỹ thuật của mình. Đến hạn nộp mà chưa khắc phục được, người nộp thuế nộp hồ sơ bản giấy tại bộ phận một cửa hoặc qua đường bưu chính, và nộp tiền thuế trực tiếp tại tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán hoặc Kho bạc Nhà nước.

Máy tính hỏng, mạng mất, USB Token không nhận hay chứng thư hết hạn đều là trục trặc ở phía doanh nghiệp. Cách an toàn là xử lý những lỗi này như sự cố của người nộp thuế: tự khắc phục sớm, và nếu sắp hết hạn vẫn chưa xong thì chuẩn bị nộp hồ sơ giấy thay vì chờ.

Sự cố ở Hệ thống thông tin quản lý thuế

• Cục Thuế thông báo kịp thời thời điểm hệ thống gặp sự cố và thời điểm hệ thống hoạt động lại theo mẫu số 02/TB-TĐT, trên Trang thông tin điện tử Cục Thuế (www.gdt.gov.vn) và trên Hệ thống thông tin quản lý thuế.
• Hệ thống gặp sự cố vào ngày cuối cùng của thời hạn nộp: người nộp thuế nộp hồ sơ, chứng từ điện tử trong ngày tiếp theo liền kề sau khi hệ thống hoạt động lại vẫn được tính là đúng hạn.
• Hệ thống gặp sự cố sau giờ hành chính của ngày cuối cùng: người nộp thuế nộp bản giấy hoặc nộp tiền trực tiếp vào ngày làm việc tiếp theo liền kề cũng được xác định là đúng hạn.
• Cổng Dịch vụ công quốc gia hoặc hệ thống của tổ chức T-VAN gặp sự cố: người nộp thuế được chuyển sang nộp qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc hệ thống khác nêu tại khoản 2 Điều 8.

Lưu trữ hồ sơ thuế điện tử

Khoản 2 Điều 9 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định thời hạn lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử theo pháp luật về lưu trữ và pháp luật có liên quan; hình thức lưu trữ theo pháp luật về giao dịch điện tử. Thông tư khẳng định việc lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử có giá trị như lưu trữ văn bản giấy.

Doanh nghiệp nên làm gì sau ngày 01/7/2026

1. 1

   Kiểm tra tài khoản giao dịch thuế điện tử

   Xác định doanh nghiệp đang giao dịch qua hệ thống nào trong khoản 2 Điều 8: Cổng Dịch vụ công quốc gia, Hệ thống thông tin quản lý thuế hay tổ chức T-VAN, và ai đang giữ tài khoản.

2. 2

   Rà chứng thư số đã đăng ký

   Chứng thư dùng để ký hồ sơ thuế phải là chữ ký số công cộng, còn hiệu lực và đúng là chứng thư đã đăng ký. Ghi lại ngày hết hạn để gia hạn trước kỳ khai thuế.

3. 3

   Cập nhật thông tin thay đổi đúng hạn

   Đổi địa chỉ thư điện tử, số điện thoại hay thông tin đăng ký khác thì cập nhật trong 03 ngày làm việc, và trước lần giao dịch tiếp theo nếu lần đó đến sớm hơn.

4. 4

   Rà hợp đồng với đại lý thuế

   Đại lý thuế ký hồ sơ của doanh nghiệp bằng chữ ký điện tử của chính đại lý theo điểm b khoản 2 Điều 10, nên hợp đồng dịch vụ làm thủ tục về thuế cần ghi rõ phạm vi việc đại lý được ký.

5. 5

   Đổi căn cứ trong tài liệu nội bộ

   Quy chế, quy trình kế toán còn dẫn Thông tư 19/2021/TT-BTC hay Thông tư 80/2021/TT-BTC thì đổi sang Thông tư 89/2026/TT-BTC.

6. 6

   Lưu Thông báo tiếp nhận của mỗi kỳ

   Thông báo tiếp nhận hồ sơ thuế điện tử là bằng chứng ngày nộp; lưu cùng tờ khai đã ký trong hồ sơ kế toán.

GoSign liên quan thế nào tới giao dịch thuế điện tử

GoSign không kê khai, không nộp hồ sơ thuế và không kết nối với Hệ thống thông tin quản lý thuế. Doanh nghiệp vẫn ký và nộp tờ khai trên hệ thống mà Thông tư 89/2026/TT-BTC liệt kê. GoSign dùng cho phần việc trước và sau đó: trình ký, phê duyệt và ký số hợp đồng, đề nghị thanh toán, văn bản nội bộ, có thể bằng cùng USB Token của doanh nghiệp.